首先，二者从传染性的角度来看是有明显区别的。新型冠状病毒被我国归为乙类传染病，但是依照甲类传染病处理，具有非常强的传染性，可通过呼吸道飞沫以及人与人之间的交流进行传播，但流感病毒与其相比传染性要弱很多，属于丙类传染病。
另外，两者的症状也是不同的，感染新型冠状病毒之后患者可出现以发热、乏力、刺激性干咳为主要的临床症状，严重时还会引起呼吸衰竭、休克以及多功能脏器衰竭等后果。
而流感一般不会引起呼吸窘迫和呼吸困难，全身症状比较轻，病情进展也相对较慢，临床治疗效果好。