冠状病毒和流感病毒在科属以及引起的疾病上都是不同的。
冠状病毒属于冠状病毒科冠状病毒属，目前发现只有七种可以感染人，并且引起相关的疾病。流感病毒属于正黏液病毒科流行性感冒病毒属。
一般冠状病毒感染人引起的疾病，比流感病毒引起的相对要重而且急。常见的像SARS病毒、新型冠状病毒都属于冠状病毒。而流感病毒比较常见的有甲型、乙型、丙型流感病毒，而且流感病毒十分容易变异。由于冠状病毒导致感染暴发的次数少，所以目前人类对它的认识还不是特别清楚。