肠结核选择的用药，需要根据患者的疾病临床表现来决定。最重要的是合理选择抗结核药物，可以选择链霉素、异烟肼、利福平、吡嗪酰胺等药物。使用这些药物治疗的过程当中，也需要坚持抗结核药物治疗的原则。
对于有出现耐药的肠结核患者，需要根据耐药的流行情况，或者是药物的敏感试验结果，选择敏感的药物。此时，有可能需要延长该疾病的治疗周期。
如果有出现腹痛或者是严重的脱水时，还可能需要给予使用解痉止痛以及补液药物。必要的时候需要手术治疗。