脑干出血引起的并发症包括长期昏迷、肢体的功能障碍，意识清醒者可能会产生吞咽及发音困难、记忆力的减退。
脑干出血无论是保守治疗或手术治疗，预后极差，即使得以生存，往往伴有并发症，其中最严重、最常见的并发症为昏迷、植物生存状态。
其它的并发症有病变对侧肢体偏瘫，个别患者经过治疗意识清醒者，可能会因为损伤后组颅神经而引起发音困难和吞咽困难，常见的并发症还有记忆力的减退、头痛、头晕及心态失衡、脾气暴躁等。