脑干出血不治疗会引起严重的肢体、语言、智力功能障碍，严重者会危及生命。脑干出血需及时的治疗，否则会导致各种不同的并发症。脑干出血量小于3ml，可能仅引起较轻的症状，如头晕、头痛、恶心、呕吐、面部以及肢体的麻木。
若不治疗或不及时治疗可以引起脑干受损症状加重，发生高热、肢体偏瘫、失语、记忆力下降、声音嘶哑、吞咽困难、肺部感染发生，甚至引起呼吸骤停现象。
脑干出量大于5ml不治疗的情况下，患者的脑干出血引起的水肿、神经核及颅神经的受损会进一步加重，发生各系统并发症。如应激性溃疡、肺部及尿路感染、瞳孔散大、意识障碍程度加深、呼吸循环衰竭直至死亡。