同房时阴茎疼痛的原因：
1.是在性过程中动作粗暴、性体位选择不当，阴茎摩擦损伤引起疼痛。
2.是致病菌感染，患有阴茎皮肤炎症、龟头炎或包皮炎，性过程中对炎性水肿部位摩擦刺激引起疼痛。
3.是患有阴茎硬结，可在阴茎勃起以及性交摩擦时加重阴茎疼痛感觉。
为了明确同房时阴茎疼痛的疾病原因，可就诊到泌尿专科，直观查看包皮、龟头外观性状，扪诊检查了解阴茎海绵体质地，必要时需要辅助浅表探头彩超检查阴茎。根据检查提示抗炎、对症止痛、手术等治疗。