麦胶性肠病临床没特效的口服药物，适当可以给予补充维生素类的药物、肾上腺皮质激素，主要是以饮食疗法为主，结合对症治疗。
麦胶性肠病主要是对含有麦胶的食物过敏引起的，终身需要无麸质饮食。如果出现有营养不良的，可以给予补充氨基酸、脂肪乳、白蛋白等营养支持治疗。维生素缺乏的可以补充维生素B12、维生素K、维生素D等，纠正体内水、电解质失调。
如果比较严重的可用肾上腺激素，可以通过静脉滴注进行治疗，部分患者也可以通过口服方式给药，还可应用免疫抑制剂，比如环孢素，可缓解症状，改善小肠的吸收功能。