肠结核和克罗恩病是完全不同的疾病。肠结核是由结核分枝杆菌引起，克罗恩病是一种特殊的疾病，其主要致病因素包括机体免疫力低下和特殊感染，甚至与遗传因素有关。
两者早期表现相似，基本上与消化道慢性感染有关。可以通过肠镜来鉴别。
克罗恩病可以影响整个消化系统，它属于多阶段变化，过程长，重复性异常。单纯性肠结核主要分布在回肠末端和回盲部，肠结核患者中结核性疾病较多见，但克罗恩病与结核的关系基本不复杂。