口服药物也可以治疗肛裂，肛裂的主要口服药物为润肠通便的药物。主要目的是缓解患者便秘症状、减少质硬粪便对裂口的刺激、缩短裂口愈合时间。
临床上首选的药物为小麦纤维素，是麦麸内纯植物提取，没有任何副作用，也可以长期服用。主要治疗原理是增加粪便体积，加快粪便通过肠道的速度，从而达到缓解便秘的症状。
其次，可以选择渗透性泻药，临床上比较常用的有乳果糖以及聚乙二醇，这两种药物可以减少结肠对粪便内水分的吸收，保持粪便的软化。另外，肛裂患者裂口局部也需要使用促进裂口愈合的药物，例如痔疮膏、湿润烧伤膏等。