在临床上对于一些急性的肛裂，病史偏短的大多采取药物治疗，效果也比较好，大多都能进药物治疗后治愈，肛裂的药物治疗包括口服药物以及局部使用药物。
由于肛裂大多是由于便秘所导致的，所以口服药物以软化大便，改善便秘症状为主，主要包括福松、乳果糖等。局部使用药物是促进肛裂裂口愈合、减轻局部疼痛症状、促进裂口的愈合，局部使用的药物包括太宁栓、马应龙痔疮膏、湿润烧伤膏等等，缓解局部疼痛症状，可以使用利多卡因凝胶为表面的麻醉剂，可以减轻局部疼痛症状。