妊娠合并甲状腺功能亢进症和妊娠甲亢综合征的本质区别是：前者是真正有甲状腺性的甲状腺功能亢进症，而后者不是甲状腺性的甲状腺功能亢进症。
它们的临床表现是相同的，都是表现为高代谢症候群的症状，有心慌、出汗、爱生气、失眠等一些高代谢症候群的症状。但是化验室指标不同，妊娠合并甲亢化验室指标除了有游离三碘甲状腺原氨酸升高，促甲状腺激素是降低之外，还有促甲状腺激素受体抗体是阳性的。而妊娠甲亢综合征促甲状腺激素受体抗体是阴性的。
另外，治疗妊娠合并甲亢需要抗甲亢治疗，妊娠甲亢综合征不需要抗甲亢治疗。