腓骨肌萎缩症会反复发作的，而且并没有什么特殊有效的治疗方法，主要是进行对症和支持疗法。此病属于遗传性运动感觉神经病，发作与遗传有一定关系。
神经生理检查是最主要的辅助检查方法，可以选择康复治疗，康复治疗在治疗中占主导的地位，主要是改善患者的行走能力和生活质量，但是过程会比较长，一定要长期坚持，包括耐力训练、力量训练和拉伸训练等，保证肌力得到提高，防止复发。
如果腓骨肌萎缩症比较严重，造成足部畸形，应该进行外科矫形手术，来达到重建和平衡踝部肌肉力量。