由于先天性巨结肠有一定的遗传因素，所以其高发人群为直系亲属内有患有先天性巨结肠的人群。
如果父母一方患有先天性巨结肠，其子女患先天性巨结肠的概率会明显增加，而且先天性巨结肠也有明显的家族发病倾向，家族性先天性巨结肠发病率可以达到4%。
有研究表明，母亲患先天性巨结肠比父亲患病对子女的影响更大。在父母患病的后代中，男性子女患先天性巨结肠的概率比正常人群高130倍，而女性患先天性巨结肠的概率比正常人群高360倍。