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先天性巨结肠的预防，需要通过基因检查，在怀孕时尽早的做检查。还有可以通过正常的生活饮食，避免接触有害的物质，包括怀孕期间远离病毒感染，包括有害因素的侵入，可以怀孕，孕育健康宝宝的。 先天性巨结肠是遗传性的疾病，是由于环境因素和遗传因素交互来形成的。还有特别严重的是属于家族性的，家族性遗传的就是越重的长段型和全结肠性巨结肠，一般正常的孩子巨结肠发病率，比如说是1/5000，有家族性遗传重症的巨结肠，通常是3%~5%的发病率，可能需要通过基因检查，在怀孕的时候能够尽早的做一些检查。
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