有肛瘘最近一直在流脓很可能是肛瘘的急性炎症期。
此时建议及早手术，避免炎症向深部广泛扩散，因为肛瘘内口在齿状线，肠道中的粪便和气体可以随意进入窦腔内，同时可以引起瘘管引流不畅，造成窦腔内压力增高，从外口排出脓性或者血性渗液，随着病情的进展，脓液排出逐渐减少，甚至消失，外口暂时封闭，进入了肛瘘静止期。
有时候可以引起局部胀痛，再度形成脓肿，封闭的外口再穿破或者形成另一个新外口，又有脓液流出，有时粪便和气体流出。