肛瘘流脓是因为肛瘘有外口，肠道分泌的脓性分泌物从外口溢出引起流脓。
肛瘘是属于化脓性的炎性疾病，可分为三部分，内口、瘘管和外口。内口位于直肠内，经常分泌脓性的分泌物，这些分泌物顺延瘘管到达外口，从外口反复流出脓性的分泌物，容易引起肛门局部瘙痒，还有可能会导致肛周感染。
肛瘘形成流脓，一旦确诊后最好尽早做手术，仔细探查内口和瘘管，将内口和瘘管切除干净，促进伤口引流通畅。术后做好伤口的消毒更换药物，配合红外线理疗，伤口愈合后才可以治愈肛瘘。