最常见的儿童急腹证是非特异性的腹痛，其病因可能永远也无法确定，无论年龄大小阑尾炎都是儿童腹痛常见的原因之一，而且任何腹痛都是需要进行鉴别的。其他病因可根据患者的年龄比较轻松的归类。2岁以下婴幼儿的病因包括绞痛肠胃炎病毒感染、便秘较大的儿童可能遇到由胃肠功能紊乱、肠胃炎、便秘、尿路感染、阑尾炎、盆腔炎、异位妊娠或者是炎症性肠病所造成的腹痛。
罕见，但严重的腹痛原因包括肠套叠肠扭转、胰腺炎、糖尿病。联创细胞病白血病淋巴瘤睾丸或者是卵巢扭转等这些都是儿童急腹症的常见原因。腹痛为主症的急腹症又称外科腹痛，往往病情危重，必须在几个小时内决定手术，呕吐为主症的急腹症，多维腹痛的伴随症状而存在，也需要及时的对症治疗。