月经结束后小肚子疼通常由以下几种常见病因引起：
1.消化系统疾病。比如溃疡性结肠炎、肠易激综合征等，主要是因为饮食不规律、进食过凉、过辣食物、暴饮暴食等造成。需要及时予以系统治疗，包括使用质子泵抑制剂、改善胃肠动力药物、促消化药物等。
2.阵发性肠痉挛。比如月经后剧烈运动或腹部受凉等，可能会引起胃肠痉挛性疼痛。可以采取中医理疗缓解，必要时使用解痉止痛药物予以缓解。
3.生殖系统疾病。比如子宫肌瘤，会引起局部压迫出现小腹疼痛，阴道炎或者子宫内膜炎也会因为炎症刺激引起小腹疼痛和白带异常等，需要针对不同病因予以对症治疗。