食管克罗恩病是克罗恩病的发病部位之一。由于克罗恩病可以影响人体的整个消化道，主要的易感部位是在右半结肠回盲部、回肠末端，也可以影响食道以及上消化道，包括食道、胃、十二指肠这些消化道。它可能与克罗恩病的传统治疗方法相同，因为它还控制着异常的免疫反应。
很多病人在做胃镜检查时可能会发现食道溃疡，但这类病人往往没有典型的临床症状，没有胃酸倒流、胃灼热或饮食不良的症状。他们只通过内窥镜检查才发现食道溃疡。