绝大多数的胆汁是由肝细胞分泌的，胆管细胞也可以分泌少量胆汁。胆汁分泌后，可由肝内胆管汇入左右肝管，进入肝总管和胆总管。
在非消化期内，胆汁可经肝管转入到胆囊内贮存并不断的浓缩；在消化期内，食物进入后，可刺激十二指肠分泌荷尔蒙，引起胆囊收缩。
胆汁可直接由肝脏和胆囊大量的排入十二指肠，与胰液、肠液密切配合，对小肠内的食糜进行化学性消化，促进脂肪的消化分解和脂溶性维生素的吸收。胆汁在十二指肠内还可中和一部分胃酸帮助消。