主要根据临床表现和肾脏病理改变的特点进行选择，并在长期随访中，根据治疗的效果调整治疗方案。
临床表现为单纯性血尿、病理改变仅有轻度系膜增殖的非IgA系膜增殖性肾小球肾炎患者，其预后良好，一般无需特殊治疗；对24小时尿蛋白定量小于2克，病理改变为轻度到中等度系膜增殖的非IgA系膜增殖性肾小球肾炎患者，宜暂缓使用常规糖皮质激素治疗，可以先试用雷公藤多甙、保肾康、肾炎四味片等中药制剂进行治疗，伴有高血压时可以加用血管紧张素转换酶抑制剂或钙离子拮抗剂治疗，以减少蛋白尿，减轻肾脏的病理改变。
对临床表现为大量蛋白尿或肾病综合征的患者，应按照微小病变肾病的治疗方法给予足量的激素治疗，大约有50%左右的患者在标准疗程的激素治疗后，病情可以得到完全缓解。对于激素依赖型、激素不敏感型或治疗后复发的患者，在应用激素的同时，加用免疫抑制剂如环磷酰胺，有助于巩固和延长缓解期。