肛瘘吃中药不能消除，只能起到辅助作用。肛瘘的中药治疗包括内治法和敷药法，内治法从中医理论要分清肛瘘的类型和属性，依照分型的不同给予清热解毒、除湿消肿、清热利湿、补气补益气血等中药制剂。
可以采用适当的中药药膏敷于肛瘘患处，达到消炎止痛、促进局部消肿、引流的作用，也可以采用中药方剂进行熏洗，具有清热解毒、去瘀散结、行气活血的作用。
但是这些方法都不能清除病因，多适用于惧怕手术而采取保守综合治疗的患者，也可以作为手术治疗的辅助手段。