肛瘘用中药不能除根，只有通过手术治疗肛瘘能除根。肛瘘患者口服中药或用中药肛门熏洗坐浴，只能起到清热燥湿、消肿止痛的作用，只能缓解肛瘘症状，不能除根。
肛瘘由于发生在肛门直肠附近，在肛门内肛窦处有一感染源，即内口，感染向肛周扩散形成瘘管，在肛周皮肤形成外口，所以肛瘘不能自愈。
中药治疗只能减轻症状，只有通过手术切开肛瘘瘘管，敞开内口，消除感染源，使瘘管引流通畅，新生肉芽组织向上生长，逐渐填平创口，才能使肛瘘除根治愈。