等孢球虫病的本质是寄生虫病，患者的症状主要集中在消化系统。感染此种寄生虫，大部分的患者症状比较轻微，普通人差别较为困难。
主要表现为腹泻，腹泻的次数较多，但是发病并不持续，一般维持3~4天，症状减轻。数月以后再次出现相同的症状，此外还可以伴有腹痛、发热、恶心、呕吐，由于患者的营养吸收出现问题，会出现乏力、心慌、消瘦。
如果出现上述的临床症状或者不明原因的消瘦，一定要去医院就诊，完善寄生虫的检查，明确疾病的性质。