肉孢虫病可以在医生的指导下，根据患者的临床症状用药。肉孢子虫病容易引起恶心、呕吐、腹胀、腹痛、腹泻等症状，同时还有可能会出现肌肉疼痛，可以在医生的指导下口服磺胺嘧啶、复方新诺明、吡喹酮等进行治疗。
如果是人肌肉肉孢子虫病感染可以应用土霉素、伯氨喹等进行治疗。如果有肌肉改变时，可以应用肾上腺皮质激素类药物进行治疗，但是一定要在医生的指导下按疗程用药。
平时尽量以预防为主，尽量不要吃生的牛肉、羊肉或者是猪肉等，而且也尽量少喝生水。同时要注意卫生，饭前便后都要洗手。