系膜增生性肾小球肾炎的治疗，应根据不同的临床病理表现类型来制定不同的治疗方案。
对于无症状血尿或蛋白尿的患者，因为这类患者病理检查常为轻度非IgA系膜增生性肾小球肾炎，所以应以保养为主，注意避免感冒、过度劳累以及应用肾毒性的药物，定期复查观察病情变化，这类患者预后一般较好，大多数病例尿化验虽然持续异常，但是肾功能并无损害。
而对于慢性肾炎综合征这一类患者，因为病理检查可以表现为轻、中或重度的非IgA系膜增生性肾小球肾炎，所以后者临床上常出现慢性肾功能不全，应积极控制高血压，减少尿蛋白来延缓肾损害的进展，一般认为这类患者不宜应用糖皮质激素及免疫抑制治疗，首先需要血压达标，对于尿蛋白定量大于1g/d的患者血压应降至125/75mmHg。临床应用时至少应降达130/80mmHg。
如果肾脏已经发生肾功能不全，还应该按肾功能不全的治疗原则处理，而对于肾病综合征者，这类患者的病理类型也可表现为轻、中或重度的非IgA系膜增生性肾小球肾炎，重度时还常继发局灶节段性肾小球硬化，所以应根据病理轻重不同采取不同的治疗方法。