慢性腹泻有可能需要输液治疗。尤其是患者的腹泻症状较为严重，并且有出现电解质紊乱、酸中毒等并发症的患者。完全通过口服补液盐等方式不能改善时，需要输液治疗，需要根据水分的丢失，电解质的丢失情况，补充水分以及电解质。
大部分慢性腹泻的患者可以通过口服用药的方式，达到临床治愈的目的。可以根据患者的腹泻症状，合理使用止泻的药物，以及黏膜保护药物，也可能需要使用微生态制剂来改善症状。临床当中可以选择的药物有蒙脱石散以及双歧杆菌等。