这种疾病与食用小麦粉密切相关。大量研究证实，麦胶可能是该病的致病因素，因此该病的名称被直接改为麦胶肠病。其发病机制被认为是遗传、免疫和麦胶饮食相互作用的结果。
这种疾病的患者对含麸质的小麦粉非常敏感。大麦、小麦、黑麦和燕麦中的谷蛋白，可被乙醇分解为醇溶蛋白，这可能是该病的致病因素。
正常人肠黏膜细胞中存在肽酶，可分解为较小的无毒物质。然而，在活动性腹腔疾病患者中，肠黏膜细胞的酶活性不足，不能分解而导致该病。