肛瘘和肛周脓肿其实是同一疾病的不同阶段而已，肛周脓肿是急性感染的阶段。所以其临床症状比较严重，患者会在肛门周围出现局部红肿、热痛，会伴有局部的坠胀不适，有些还会伴有发热等全身症状。
肛周脓肿如果没有破溃或者经切开引流，没有外口；而肛瘘是肛周脓肿的后时期，是由于肛周脓肿破溃或切开引流后所产生的后遗症，是一个慢性的感染过程。其主要症状为反复的肿痛以及流脓；而肛瘘一般有完整的内口、外口以及瘘管。