肛瘘和肛周脓肿既有区别，又有关联。
肛瘘是由肛周脓肿继发而来，肛周脓肿和肛瘘是同一个疾病的两个不同阶段，早期是肛周脓肿，后期是肛瘘。
肛管内肛隐窝容易储留粪便残渣，肛腺经肛导管进入肛隐窝，如果肠道细菌经肛隐窝引起肛腺感染，则形成原发性病灶，也是肛周脓肿的原发病灶，也是肛瘘的内口。炎症沿肛腺导管向肛管及直肠周围组织各间隙扩散，形成肛周脓肿，肛周脓肿破溃或者切开引流后，最终发展为肛瘘，破溃口或引流口为肛瘘外口，脓腔形成肛瘘瘘管。