小孩性发育迟缓的治疗可以选择西医治疗，也可以选择中西医结合治疗。
西医在治疗小孩性发育迟缓上，需要首先通过检查明确发生小孩性发育迟缓的病因，针对相对的病因，如性激素缺乏等，选择适当的方法进行治疗。如果是因为激素的缺乏，会通过补充适当的生长激素以及对应的性激素等方法，进行激素补充治疗。
中医理论认为小孩子的生长发育与先天之本肾，和后天之本脾胃有关系，可以经过中医辨证论治之后，通过补肾等方法来治疗小孩性发育迟缓。