功能性消化不良恢复的时间没有统一的标准，需要根据个人的情况不同、选择的治疗方式不同，在治疗的时间上也会有所不同。
大部分情况下，可能需要治疗的时间是一个月到三个月不等。功能性消化不良的治疗，需要根据患者的疾病临床表现以及严重程度合理制定个性化的诊疗方案，这样才能促进疾病的恢复。
除了需要调整患者的饮食结构、生活习惯、运动习惯，可能还需要调整患者的心态。尤其是长期处于焦虑、抑郁等状态的患者，消化不良的症状可能更为明显。