新生儿巨细胞病毒感染患者可以选择做病毒分离，此法最可靠，特异性最强。尿液标本中病毒量高，且排病毒持续时间可长达数月至数年，但排病毒为间歇性，多次尿培养分离可提高阳性率。
此外，脑脊液唾液的也可进行病毒分离，第二是巨细胞标志物检测，在各种组织或者脱落细胞中可检测出典型的包涵体，病毒抗原颗粒或基因等巨细胞病毒标志物。其中特异性高敏感的方法是采用dna杂交实验检测患者样本中的巨细胞病毒。最后还可以检测血清中的巨细胞病毒IgG、IgM、IgA抗体。