磁化杯的主要作用是将自然水磁化后而成为磁化水的一种装置。
随着水的磁化过程，逐渐改变了水分子的排列，破坏了水分子之间的氢键，使缔合的水分子变成了单散的分子，长键变成短键，从而促进其渗透能力和溶解能力增加，比较容易地渗透人体结石之中以及机体内部脏层与壁层之间。加之磁化水可能激活机体内某些酶的活性，有力地促进了营养物质的代谢过程。
但并不是所有的磁化水都会对人体的健康有益，只有负极的磁化水才能改善人体生理功能，起到保健的作用，而正极处理的水不宜多喝。