对于伪膜性肠炎的治疗方法最常用的还是口服药物来进行治疗，如口服甲硝唑等药物，可以起到杀灭梭状芽孢杆菌的效果。
如果患者有呕吐以及腹泻比较严重，并且出现脱水，可以考虑的是静脉点滴的治疗方法，通过静脉点滴一方面使用了抗生素，一方面还纠正了脱水、酸中毒以及调节酸中毒等的并发症。
当然比较顽固的伪膜性肠炎也可以考虑进行灌肠治疗，灌肠治疗对于发病时间比较长的胃膜性肠炎，也有着比较好的治疗效果以及后期进行肠道有益菌的补充等。