肛瘘手术后是有可能会引起大便失禁的。
尤其是属于高位性的复杂肛瘘，做手术过程中容易引起肛门括约肌出现损伤，导致直肠环以及肛门括约肌的功能出现了障碍，关闭不紧导致肛门失禁，不能自主控制大便。严重大便失禁，应该进行做手术修复肛门括约肌，恢复肛管直肠环的正常结构。
如果症状不严重，属于低位肛瘘手术引起的局部组织损伤，可以通过调整大便，温水局部坐浴，做提肛锻炼的方式恢复。因此，肛瘘手术后是有可能会导致大便失禁。