克罗恩病可以吃的药物，包括抗菌药物以及皮质类固醇的药物，也可能需要使用免疫抑制剂。临床当中比较常用的有柳氮磺吡啶、泼尼松、甲基泼尼松龙、氢化可的松、硫唑嘌呤。具体药物的选择以及诊疗方案，需要根据患者的个人情况制定。
药物治疗的目的主要是在急性活动期控制炎症，缓解症状。尤其是需要外科手术治疗的患者，药物的目的是为患者手术创造条件。
如果通过保守治疗症状没有改善，并且有出现严重并发症时，有可能需要手术治疗才能缓解症状。