真菌性食管炎也是受多方面因素影响的，如食管炎的患者时间长了也有可能继发真菌感染，个人抵抗力差的，特别是有免疫缺陷病的，也有可能导致真菌的发生。
还有一部分与食管的损伤，插胃管等因素也有可能滋生真菌的可能性。还有不合理的使用抗生素，时间长了也会导致人的免疫力产生影响，也有可能导致真菌性食管炎的发生。
所以，对一个真菌性食管炎的患者，要及时的查找导致的原因，特别是滥用抗生素，要停止使用不合理的抗生素的等措施，还要积极的进行治疗。