导致睾丸萎缩的主要原因包括感染、损伤、炎症、内分泌疾病。
感染性因素包括急性鞘膜积液、病毒性睾丸炎，以及其他病毒感染。当睾丸部位或阴囊受到外伤损伤后，可能会使睾丸局部的供血不足，从而引发萎缩。如果男性患有重度睾丸炎，会使睾丸出现比较严重的疼痛与肿胀，如果不及时治疗，也会引发睾丸组织出现萎缩。
睾丸是人体的分泌器官，会产生雄性激素。如果身体内的其他内分泌器官出现异常，会使睾丸的分泌功能受到影响，引发睾丸萎缩。