首先二者好发部位不同，内生软骨瘤主要是见于短管状骨的髓腔中，比如手和足的小骨。骨囊肿常见于长管状骨的干骺端，比如股骨、肱骨的远端，胫骨的近端。
另外在影像学上表现也是不同，内生性软骨瘤可以表现为髓腔的膨胀性的生长，对骨质会有一定的破坏，在其中可以见到点状的钙化影。骨囊肿一般是比较均匀，不会见到钙化影，同时和骨皮质之间的界线也比较清晰。
还有在病理的大体外观上，内生性软骨瘤主要是呈现泥砂样的蓝色或者是透明的不成熟的软骨组织。骨囊肿病理的大体外观是黄色或者褐色的液体，在恶化倾向上内生软骨瘤的恶变的倾向要比骨囊肿略微高一些。