内生性软骨瘤切除后一般是会复发的。特别切除的手术是在儿童，或者发育还没有完全停止的情况下。这种情况如果切除，一般这个时期还是内生性软骨瘤生长比较快的时期，并且可以引发骨折和畸形。
如果在活动期，在儿童还比较小的时期进行切除，包括进行了一定植骨，但是复发率也在30%左右。所以在生长比较快的内生性软骨瘤，或者多发性内生性软骨瘤，或者是在活跃期进行手术，都有一定的复发率，切除以后需要定期的复查。
如果在切除的病理检查中有恶变的倾向，还需要进行广泛的肿瘤切除。所以一般需要在静止期切除，重视复查，避免复发。