肠系膜淋巴结结核有可能需要手术治疗。尤其是肿大的淋巴结压迫了腹内脏器，并且导致患者出现明显不适时，要考虑给予外科手术治疗，也可能需要将干酪样的物质切除。
假如通过保守治疗症状没有改善，并且有出现腹部包块时，有可能需要给予手术治疗。极少部分的患者，还可能会并发完全性的肠梗阻，除了胃肠减压以外，有可能需要将病变段的肠切除。同时也需要积极使用抗结核的药物来促进疾病的恢复。
手术以后，需要根据胃肠道的蠕动功能恢复情况合理饮食。