用抗生素治疗病菌性结肠炎效果如何，取决于患者使用药物的种类以及患者对使用药物的敏感性。
为了使抗炎效果较好，可以做细菌的培养以及药物的敏感试验，根据药物的敏感试验，选择敏感的抗生素治疗，这是治疗该疾病的关键。如果患者也出现了腹痛、腹胀以及大便次数增多时，还需要用保护胃肠粘膜的药物以及止泻的药物，尤其伴有全身不适症状时，还可能需要注意观察体温的变化以及精神、食欲、睡眠等一般情况。
具体使用抗生素治疗的时间，需要严格遵照医嘱执行。