甲状腺功能减退症的原因，常见的有以下几个方面：
第一，自身免疫性的甲状腺疾病，比如慢性淋巴细胞性甲状腺炎，也叫桥本氏甲状腺炎或者是产后甲状腺炎、萎缩性甲状腺炎，这些免疫疾病可以破坏甲状腺，导致甲状腺功能减退症。
第二，服用碘131治疗甲状腺功能亢进症的患者，可以出现甲状腺功能减退症。
第三，甲状腺手术后破坏导致的甲状腺功能减退症。
第四，一部分的亚急性甲状腺炎，也可以有少部分人留下终生的甲状腺功能减退症。
第五，缺碘的地方性甲状腺肿或者是先天性的甲状腺发育不全等，一些少见原因导致的甲状腺功能减退症。