肝脓肿需要区别于肝肿瘤、血管瘤、囊肿等疾病。
一般来说，肝脓肿的特点是发热、肝区疼痛、右上腹叩击痛、边界不清的肝脓肿和肝癌难以鉴别。B超是首选的检查方法，肝脓肿诊断阳性率可达96%。必要时可在B超引导下穿刺诊断肝脓肿。此外，甲胎蛋白、肝炎病毒分型、增强CT和核磁共振也可协助鉴别诊断。
肝脓肿不会引起高甲胎蛋白，这是最常见的肝癌。有一些慢性活动性肝炎，肝硬化也可引起甲胎蛋白高，因此需要综合因素进行鉴别诊断。