真菌性食管炎主要是各种真菌进入食管，在食管粘膜表面积聚，使食管粘膜表面呈白色、呈真菌样。对于这类患者，需要在胃镜下进行病理学进一步确认，或做细菌培养、真菌培养，以进一步确定是否有真菌性食管炎。
一旦确诊为真菌性食管炎，主要治疗是抗真菌，目前抗真菌药物很多，可以口服或静脉滴注。
对于真菌的治疗目前由于成本较高，但治疗效果还可以，如伊曲康唑、酮康唑等对真菌的治疗效果比较合适，效果也比较好。除了吃药，适当注意饮食，不要吃辛辣的食物。