牙根尖囊肿有癌变的可能性，只是癌变的概率是极低的，不用过于担心。
牙根尖囊肿主要是发生在根尖周组织的囊肿，一般是出现牙髓炎以及龋病以后容易引起根尖囊肿。牙根尖囊肿体积不断增大，症状明显，如牙龈肿痛、牙齿松动、牙齿出现移位。可以切除囊肿，治疗过后很少复发，一般不会癌变。但是如果治疗没有完全地切除囊肿，有极个别的患者容易转化为鳞状细胞癌，但发生的概率很低。
因此，为了预防牙根尖囊肿癌变，治疗需要彻底去除病灶，避免受到诱因刺激而引起复发。