牙根肉芽肿不会癌变。
如果不及时治疗，进一步发展，可演变成根尖周囊肿。根尖肉芽肿临床上常无明显自觉症状，患牙吃东西时有不适感，牙龈时常起脓包，有牙髓病病史、反复肿胀史或牙髓病治疗史。患牙可有深龋洞或修复治疗史，以及残冠残根。牙冠颜色发暗并失去光泽、牙髓失去活力或有不适感、患牙不松动、有慢性根尖炎，可检查到瘘管开口。
若不及时治疗，随着炎症范围进一步扩大，可发展成根尖周囊肿。重者可造成相邻牙齿移位或牙根吸收，甚至是颌骨吸收，严重时会造成周围软组织间隙感染，影响生活及工作。