肠炎有可能需要做肠镜的检查。可以做结肠镜或者小肠镜的检查，通过肠镜的检查可以直接观察结肠黏膜情况，并且可以在肠镜下取肠黏膜组织，做组织病理学检查。
尤其是慢性肠炎的患者，通过合理用药治疗后，症状没有改善反而有加重趋势，并且有食欲下降、消瘦等临床表现时，更需要做肠镜的检查，排除肠道器质性病变，以及肠道肿瘤性疾病后再用药治疗。
同时，也可能需要做大便常规检查，大便的培养以及血液的生化化验，包括血常规、电解质、C-反应蛋白检查。