对于先天性甲状腺功能低下者，需要及时补充甲状腺素。但是，具体需要补充的量需要进行甲状腺功能、性激素六项监测以后才可以确诊。治疗期间还需要定期检查，防止出现其他的甲状腺疾病，从而影响到发育。同时还需要对症治疗。
先天性甲状腺功能低下是由于甲状腺自身发育异常，或者是甲状腺激素代谢紊乱引起的，可能需要选择对应的药物进行终身治疗。在补充甲状腺激素应从小剂量开始，同时还可能需要补充糖皮质激素。
对于先天性甲状腺功能低下者，除了使用药物进行治疗外。同时还需要多注意休息，多吃一些高蛋白、高热量的食物。